O Museu do Vale do Arinos é, antes de tudo, uma instituição nascida na base. Sua gênese se encontra nos esforços de grupos multidisciplinares de docentes, pesquisadores, indígenas de diferentes etnias, estudantes e bolsistas a partir da Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT) através do Projeto de Pesquisa “Fronteira, Territorialidade e Cultura: o Vale do Arinos na Memória de seus Habitantes”, com a colaboração do Instituto de Educação, Cultura e Meio Ambiente do Vale do Arinos (ECUMAM) e da Archaeo Empresa de Pesquisa Arqueológica, na busca pela criação de um espaço de proteção e difusão do patrimônio histórico e cultural do Vale do Arinos. Em 2017 este conjunto de esforços provocou a Câmara Municipal de Juara a instaurar o Projeto de Lei Municipal nº 004/2017 que culminou com a Lei Municipal nº 2.682 de 15/01/2018, criando, efetivamente, o Museu do Vale do Arinos como instituição pública. Os seus acervos também foram produzidos no bojo desse movimento plural e se constitui, principalmente, de doações. Essa rede parcerias se estende até os dias atuais, fazendo com que o Museu do Vale do Arinos rompa com a tradição museológica e museal da instituição verticalizada e imperativa, fazendo-a decolonial e multitransversal em seus processos políticos e pedagógicos. Sua estrutura organizacional se baseia em cinco câmaras setoriais: a) Câmara Setorial de História; b) Câmara Setorial de Arqueologia; c) Câmara Setorial de Etnologia; d) Câmara Setorial de Arte; e) Câmara Setorial de Natureza, que  é o setor responsável pela identificação, estudo, catalogação e difusão de conjuntos paisagísticos, patrimônios naturais, espeleologia, paleontologia, ecologia, zoologia, evolução, geologia e mineralogia além de identificar e catalogar pontos para o ecoturismo (chapadas, montanhas, cachoeiras etc).