O Museu Histórico foi criado por ocasião do bicentenário de Cáceres em 1978, por conta do incentivo da professora Emilia Darci Souza Cuyabanno que doou muitas das peças e documentos que estão hoje no museu. Na época, o Museu antigo funcionava na Rua 13 de junho, atrás da Catedral, e só em 1980 foi transferido para o prédio histórico que também abrigava a Fundação Cultural e o Arquivo Municipal.